Das ist ein wesentlicher Unterschied von Notes zu anderen Systemen. Ein Dokument ist nur einmal da, und kann in beliebig vielen verschiedenen Ansichten und Ordnern angezeigt werden. Legt man ein Dokument zusätzlich in einem anderen Ordner ab und löscht es dann in einem Ordner, ist dieses Dokument weg. Und da es nur dieses eine Dokument gibt, ist es in allen Ansichten und Ordnern weg. Der Ordner "weiß" welche Dokumente in ihm angezeigt werden soll. Ändert man das Dokument, ist es auch in allen anderen Ansichten und Ordnern geändert, denn es ist ja eben nur eines.
Verschiebt man ein Dokument aus einem Ordner in einen anderen und hält dabei die Ctrl/Strg-Taste fest, wird das Dokument zusätzlich in den anderen Ordner hinzugefügt. Man kann auch ein Dokument rechts anklicken und dann Move to Folder... auswählen, da gibt es dann die Schaltflächen Hinzufügen und Verschieben (sorry, habe hier so eine gemischte Englisch-Deutsch-Testdatenbank, die ich nicht produktiv nutze, deshalb die unterschiedlichen Begriffe).
Das hilft Dir jetzt nicht bei Deinem aktuellen Problem, ist aber m.E. ein wichtiger Punkt im Verständnis von Notes
EDIT: Tode hat das zwioschenzeitlich fast genauso gesagt, wollte meinen Text aber nicht wegwerfen