Auch Mahlzeit!
Damit der Benachrichtigungsagent den (oder die) Ordner erkennt, in denen eine Mail liegt, muss die Datenbankeigenschaft Ordnerverweise aka Ordnerreferenzen aktiviert worden sein (NotesDatabase.FolderReferencesEnabled = True). Wenn ihr das Team Mailbox Administration Panel einsetzt erkennt man das am Ordnersymbol zwischen Title und File Path (ich hoffe, das ist im Original schon so gewesen, hab da selbst im Laufe der Zeit auch einige Sachen angepaßt).
Nachträgliches Aktivieren funktioniert nur für neue Mails, da die Ordnerreferenzen nur beim Hinzufügen/Entfernen eines Dokuments beim jeweiligen Ordner geschrieben werden. Um Dokumente nachträglich zu taggen muss man sie einmal raus und wieder rein in den jeweiligen Ordner verfrachten.
Allgemein: bei Problemen mit den Team Mailboxen empfehle ich immer, dass man die Protokollierung (ggf. temporär) aktiviert. Da bekommt man meistens genug Input warum was schief läuft.
Gruß
Carsten