Es gibt kein Folder-Flag in einem Dokument, das steuert, ob das Dokument in einem Ordner angezeigt wird. Der Ordner enthält die Information, welche Dokumente er anzeigen soll. Das Verschieben eines Dokuments in einen Ordner ändert NICHT das Dokument.
Wieso hast Du das so befürchtet?
Wenn ich einen "Ordner" benötige, der wie eine Ansicht funktioniert, dann erstelle ich eine Ansicht. Und wenn ich eine "Ansicht" benötige, die wie ein Ordner funktioniert, erstelle ich einen Ordner. Wenn ich mit dem Flugzeug verreisen will, gehe ich ja auch nicht zum Bahnhof.
Wenn Du Dokumente einem Ordner zuordnen oder dort wieder herausnehmen willst, schreibe einen entsprechenden Agenten, der Dokumente dem Ordner zuordnet (NotesDocument.PutInFolder) oder daraus entfernt (NotesDocument.RemoveFromFolder).