Ich nehme an, dass der Fehler noch vor der eigentlichen Installation auftritt? Also bei einem Pre-Installation-Check?
Wahrscheinlich kann man die Setup-Dateien entpacken und eine Installation-Check-Datei finden.
Bei den Macs habe ich das mal machen müssen, nachdem der Notes-Installer nicht mehr die Version richtig prüfen konnte. (Hintergrund war der, dass der Installer auf "Mac OS X" prüft, aber Apple seit OS 10.8 beim Namen das "Mac" weggelassen hat. (Hinzu kam noch ein Problem, dass 10.10.1 für kleiner als 10.8.x gehalten wurde)
Hier konnte man mit einem Texteditor die folgende Datei bearbeiten:
Lotus Notes Installer.mpkg/Contents/Packages/Lotus Notes Installer.pkg/Contents/Resources/InstallationCheck
Und zum Beispiel die Prüfung korrigieren oder komplett rausnehmen.
Vielleicht hilft Dir das weiter oder motiviert Dich im Setup zu suchen.
Möglich aber umständlich wäre sicher auch noch der Weg, erst auf verkleinerter Partition zu installieren und nach der Installation einfach wieder zu vergrößern.