Ich würde das Thema anders lösen. Bei Lieferung der Daten werden die alten Dokumente nicht gelöscht, sondern unkenntlich gemacht (z.B. durch Löschen sämtlicher Items). Die neuen Daten werden dann zuerst in die vorhandenen ungültigen Dokumente geschrieben, reichen die nicht aus, werden neue Dokumente erstellt.
Du hast dann in der Übermittlungsdatenbank einen Pool von Dokumenten mit und ohne Daten, das Thema Deletion-Stubs ist damit hinfällig.
Eine andere Alternative wäre, die Daten nicht über eine Notesdatenbank, sondern über eine Textdatei zu übergeben.
Um Deine Ursprungsfrage zu beantworten, kannst Du m.W. in den Repliziereinstellungen der Datenbank bei den Platzsparern die Anzahl Tage von standardmäßig 90 auf einen kürzeren Zeitraum einstellen, nach Ablauf dieser Zeit werden die Deletion-Stubs entfernt.