Bookmark.nsf auf der "Kacheloberfläche" (nicht öffnen), markieren (einfach anklicken), STRG-SHIFT-Tasten gedrückt halten und dann mit der Maus im Menü "Ansicht" "Gehe zu" anklicken. In die versteckte Ansicht "(ByURL)" gehen und dort alles rauslöschen. Es kommt meistens noch eine Fehlermeldung, welche aber ignoriert werden kann.
Ein Backup der bookmark.nsf vorher schadet natürlich nicht...