Was heißt Alarme ? Die NewMailSeqNum ist nur für das Popup beim Eingang neuer Mail verantwortlich und hat nichts mit Alarmen für z.B. Termine oder so zu tun.
Wenn es um solche Alarme geht, prüf als erstes mal, ob diese in der versteckten Ansicht ($Alarms) auch auftauchen.
Wenn das der Fall ist, schau mal in der INI nach, ob der Eintrag $EnableAlarms auf 1 steht.