Ich würde raten, das die 12000 Doc's nur noch Deletion Stubs sind und die eigentlichen Doc's weg sind.
Die Stubs kann man löschen, indem man das Cutoffdate in den DB Eigenschaften löscht.
Wenn Du irgendwo eine DB mit den Dokumenten hast solltest du vor dem Einspielen in allen Repliken die Deletion Stubs löschen. Dann kanst Du die DB's wieder replizieren, ohne das alle Dokumnete gleich weg sind.
Wenn Du die Repliken neu erstellst, must Du aufpassen, das nicht noch irgendwo eine alte replik da ist. Aus der DAtensicherung eingespielte DB's haben natürlich noch ihre alte Replik - ID.