Ohne Code zu sehen, schwierig zu sagen, aber ich vermute es hat mit Notes überhaupt nichts zu tun, sondern du lässt deinen Code im UI Thread von Swing laufen. Das soll man bei länger andauernden Operationen nicht machen, sondern diese an einen eigenen Workerhread auslagern, der dann die Daten über InvokeLater an die Gui Elemente übergibt.
Grüße
Ralf