Das ist logisch - Du hast auch den ehemals vorhandenen Folder der Inbox vernichtet bei dieser Gewaltaktion. Den Inhalt der Inbox sollte man vorher in einen temporär angelegten Ordner ablegen, dann das Update fahren und die Mails wieder zurückschieben - den temp. Ordner dann löschen.
Das wäre das übliche Vorgehen. Und welchen Fehlgriff Ihr da vorab getan habt, erschliesst sich mir noch nicht ganz, aber irgendwas muss da gelaufen sein.
Bernhard