Ist zwar schon einige Zeit her, dass du deine Frage gestellt hast. Aber das einbinden externer Klassen geht mit JavaUserClasses in der Notes.ini.
Bsp:
JavaUserclasses=C:\notes\swingall.jar
In dem Beispiel wird die Klassenbibliothek von Swing in Notes verfügbar.
Notes 5 verwendet die Java Version 1.1.8. Das heisst das du in deinen Javaklassen auch nur Klassen und Methoden verwenden darfst, die bereits seit 1.1.8 zu Java gehören.
An und für sich ist es aber kein Problem eine Java Klasse die mit 1.3.1 kompiliert wurde in Notes zu verwenden mit oben angeführter Einschränkung.
Falls du noch weitere Informationen benötigst, kannst du ja nochmal schreiben.