Ich würde solche Operationen auch eher auf den Server legen.
Das geht immer irgendwie.
Die einfachste Möglichkeit:
Z.B. Der user makiert ein Dokument, aus dessen Informationen die sehr gute iText Library ein PDF generieren soll zum "PDF erstellen".
Ein zeitgesteuerter Agent macht dann die eigentliche PDF Erzeugung aus den Dokumenten und hängt
sie etwa als Attachment an die Dokumente dran.
Auf dem Server sind die benötigten Java Libraries zentralisiert an einer oder wenigen Stellen (Cluster, klassisch replizierende Server). Das erleichtert das Deployment ungemein.
Auch wenn der Domino Server (oder Domino Client) mit einer frühneuzeitlichen JavaVM läuft, kann er schon mit modernen JavaVMs kommunizieren.
Ich behaupte nicht, dass das trivial ist.
Z.B. kannst du die PDF Generierung als ein Webservice auf Tomcat einrichten, mit dem der DominoServer kommuniziert (auf der Notes/Domino-Seite z.B. mit jakarta http Client). Dabei muss der Webservice nicht SOAP sein. POX (try google) geht auch. Eine weitere Alternative stellt Java RMI. Oder du schreibst den ganzen Server selber (nicht sooo schwierig in Java) und läßt Domino den per Socket-Verbindungen anquatschen.
Das mit dem Webservice halte ich btw. für die beste Lösung.