Mal eine andere Frage,
wird die JS überhaupt heruntergeladen? Hast du das schon mal probiert? Vielleicht wird die garnicht geladen (weil bestimmte Access-Rules für Verzeichnisse gesetzt werden / wurden) und auch deshalb nicht ausgeführt. Ein Browser liest zuerst die Dateien im Header ein bevor eine Seite aufgebaut wird (weil im Header CSS, JS etc. eingebettet sein können, die für den Seitenaufbau wichtig sind). Also zu spät geladen gibts deshalb nicht.
Versuche mal anhand des Pfades des JS die Datei direkt über den Browser herunterzuladen bzw. sehe mal in deinen Temporary Internet Files nach, ob sich die JS dort befindet.