Aus meiner Erfahrung bleibt Dir wirklich nur der Weg über die letzte Sicherungskopie. Diese bietet Dir aber sehr gute Chancen auf vollständige Heilung:
Vergleiche aus der jetzt "korrupten" DB jedes Dokument mit der Sicherungs-DB, mache dies via GetDocumentByUNID. Wenn ein Dokument nicht gefunden wurde: Ist es erstellt vor einem bestimmten Datum (dann ist das solch ein aus Versehen zurückrepliziertes Dokument), dann entferne es. Ist es neuer, dann wurde es erstellt nach Anfertigen des Backups.
Da ich von Natur aus zu extremer Vorsicht neige: Mache dies zunächst in einer abgeschotteten Umgebung und nicht produktiv, um nicht ggf. weitere Fehler hereinzubringen.
Weiterhin: Wenn in einer Applikation Leute solch weitgehenden Rechte haben (beliebig Dokumente erstellen, was ja erforderlich, um altes Zeugs zurückzureplizieren), dann musst Du für diese DBs die Replizierparameter erheblich restrikter handhaben als dies Notes als Default vergibt. Die Einstellung "Dokumente entfernen, die seit xx Tagen nicht verändert wurden" musst Du viel, viel höher setzen als 90 Tage. Ist der Haken dort nicht gesetzt, werden - und das halte ich für eine ganz üble Falle ! - nach einem Drittel der angegebenen Zeit die Deletionsstubs auch gelöscht, das heisst, dass dann - wie in Deinem Fall - Dokumente zurückrepliziert werden können aus eienr Uralt-Replik.
Good luck ! Was makaber klingt - Du hast den Ärger prompt am Freitag vor dem Start ins Wochenende bekommen.
Bernhard