So, falls es noch interessiert:
Nach einem Update des Clients auf 6.5.4 war das Problem behoben. Ordneränderungen in der Datenbank werden auch im zugehörigen Archiv wieder angepaßt.
Und alle Mails, die vorher nur in alle Dokumente zu sehen waren, sind jetzt wieder in ihrem richtigen Ordner. Ging also nix verloren, war nur ein Ansichten-Problem.
Gruß Jottess