Sascha, Deine Erfahrungen decken sich mit meinen. Doppelte Elemente habe ich zwar noch nicht erlebt, aber es ist (mehr als einmal) passiert, dass ab einem Zeitpunkt X einige Designelemente einfach nicht mehr geupdated worden sind, als wären sie vor dem Design-Update geschützt. In solchen Fällen hilft dann nur noch: Hinfahren und Schablone selber wechseln (erst mit, dann wieder ohne Design).
Seither verwendete ich auch nur noch ausgelagerte ScriptLibs. Am Rest ist ja nicht unbedingt was schützenswert ...
Bernhard