Das ist völlig logisch, dass Notes damit Probleme hat. Die %Variablen% sind im Betriebssystem definiert und das ist derart transparent für die Applikationen, dass sie von diesen Variablen nix sehen, es sei denn, der Programmierer implementiert seinen eigenen Parser. Anders ausgedrückt, sobald man das BS verlässt, gibt es diese Variablen nicht mehr, wie zum Bleistift bei der Installation.
Weiter ist die Konfiguration, das Lokale User-Verzeichnis auf ein Netzwerklaufwerk zu legen, von IBM nicht supported, damit macht es Sinn, dass Notes dafür keinen UNC-Pfad akzeptiert.