Kann es sein, das du keine Replizierkonflikte meinst, sondern einfach nur doppelt vorhandene Designelemente?
Das kann nämlich schon mal vorkommen, wenn die Zugriffsrechte auf den beiden Datenbanken (Datenbank und Template) nicht richtig gesetzt sind.
Soll heißen, wenn du über Rollen Zugriff hast auf Designelemente innerhalb der Schablone aber auf der Datenbank fehlen diese Rollen, dann haut es tatsächlich das betroffene Designelement nochmal rein, weil du ja sozusagen in der eigentlichen Datenbank dieses Element nicht sieht.
Hat man z.B. wenn man mit den Rollen rumspielt und eventuell eine Rolle "wegwirft", die in den Sicherheitseinstellungen einer Maske oder Ansicht der DB jedoch nicht korrigiert wurde.