Installiere den Server einfac so, als würdest du einen neuen Server installieren.
wenn alles läuft, ersetze die IDs durch die IDs vom alten Server und überschreibe das neue Data Verzeichnis mit dem alten Data Verzeichnis. Wenn du gleichzeitig auch noch ein update auf 5.0.9 gemacht hast, darfst du due Schablonen deiner neuen Installation natürlich nicht überschreiben.
Die Installation ist eigentlich nur deshalb wichtig, weil bei der Inst Registryeinträge erstellt werden und der Domino Server als Service eingetragen wird.
Kann man zwar auch manuell machen; wer das aber schon einmal gemacht hat, weiss auch, dass der Weg über die Neuinstallation der einfachere ist